专家指出原发性萎缩性鼻炎病因目前仍不十分清楚。传统的观点认为，本病的产生与内分泌紊乱、植物神经失调、细菌感染、营养不良、遗传因素、血中胆固醇含量偏低等因素有关，最近几年来发现本病与微量元素缺少或不平衡有关。
免疫学研究则发现原发性萎缩性鼻炎患者大多有免疫功能紊乱，造成萎缩性鼻炎病因是什么，如患者血清中有对鼻粘膜抗原而构成的高效价沉淀素和凝集素等本身抗体，玫瑰花结实验表明T淋巴细胞减少，组织化学研究发现鼻粘膜乳酸脱氢酶含量下降等，提出原发性萎缩性鼻炎病因可能和本身免疫有关。
继发性萎缩性鼻炎病因明确，包括慢性鼻炎、慢性鼻窦炎脓性分泌物的长时间刺激，高浓度有害粉尘、气体的长时间刺，多次或不适当鼻腔手术而至的鼻粘膜广泛损伤，特殊感染病和结核、梅毒和麻风对鼻粘膜的侵害。
鼻炎
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